根据《中共深圳市委办公厅深圳市人民政府办公厅关于印发〈深圳市水务局职能配置、内设机构和人员编制规定〉的通知》（深办发〔2019〕38号），深圳市水务局是市政府工作部门，为正局级。深圳市水污染治理指挥部办公室设在市水务局，承担市水污染治理指挥部日常工作。
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